পেঁয়াজ কাটলে চোখ জ্বলার মূল কারণ হলো এর কোষে থাকা সালফার যৌগ ও এনজাইমের বিক্রিয়ায় সৃষ্ট 'সিন-প্রোপ্যানেথিয়াল-এস-অক্সাইড' নামক উদ্বায়ী গ্যাস। এই গ্যাস বাতাসের মাধ্যমে চোখে পৌঁছে পানির সাথে মিশে সামান্য সালফিউরিক অ্যাসিড তৈরি করে, যা চোখের স্নায়ুকে উত্তেজিত করে এবং পানি আসার কারণ হয়। 
বিস্তারিত ব্যাখ্যা:
রাসায়নিক বিক্রিয়া: পেঁয়াজের কোষে সালফেনিক এসিড এবং সিন-প্রোপ্যানেথিয়াল-এস-অক্সাইড নামক উদ্বায়ী পদার্থ থাকে। যখন ছুরি দিয়ে পেঁয়াজ কাটা হয়, তখন পেঁয়াজের কোষগুলো ভেঙে যায় এবং এই উপাদানগুলো এনজাইমের সাথে মিশে গ্যাস তৈরি করে।
চোখে জ্বালাপোড়া: এই গ্যাসটি যখন চোখের আর্দ্রতার (পানির) সংস্পর্শে আসে, তখন এটি একটি মৃদু সালফিউরিক এসিড বা সালফিউরাস এসিড তৈরি করে। এই এসিডের কারণেই চোখ জ্বালা করে।
চোখ থেকে পানি পড়া: চোখ যখন এই এসিডিক বা রাসায়নিক জ্বালা অনুভব করে, তখন ল্যাক্রিমাল গ্রন্থি বা অশ্রু গ্রন্থিগুলো সক্রিয় হয়ে ওঠে এবং চোখকে রক্ষা করার জন্য পানি তৈরি করে, যা মূলত এই জ্বালাপোড়াকারী গ্যাসটিকে ধুয়ে ফেলার একটি প্রাকৃতিক প্রক্রিয়া। 
জ্বালাপোড়া কমানোর কিছু টিপস:
তীক্ষ্ণ ছুরি ব্যবহার: ধারালো ছুরি ব্যবহার করলে পেঁয়াজের কোষ কম ভেঙে যায় এবং গ্যাস কম উৎপন্ন হয়।
ঠান্ডা করা: পেঁয়াজ কাটার আগে কিছুক্ষণ ফ্রিজে বা ঠান্ডা পানিতে ভিজিয়ে রাখলে গ্যাস তৈরি কম হয়।
পানি বা ফ্যানের ব্যবহার: চলন্ত পানির নিচে বা ফ্যানের সামনে পেঁয়াজ কাটলে গ্যাস সরাসরি চোখে আসে না।